文华殿的尘埃落定，二十八名实学士子如同二十八颗投入湖面的石子，虽激起了层层涟漪，但湖面之下的暗流，却因这外力的搅动，反而变得更加汹涌和隐蔽。表面的反对声浪在皇帝的明确态度和林琛展示出的实绩面前暂时平息，但怨恨与恐惧的种子早已深埋，只待合适的时机破土而出。
成国公朱希忠的府邸，一间隐秘的暖阁内，炭火烧得正旺，却驱不散弥漫在空气中的阴冷气息。朱希忠半倚在铺着白虎皮的软榻上，面色阴沉，手中把玩着一对温润的羊脂玉球。下首坐着几位衣着华贵、气度不凡的男子，皆是京城勋贵中的头面人物，以及一位面色白皙、眼神阴鸷的宦官——司礼监随堂太监张宏，他与倒台的冯保素有交情，对林琛早已心怀不满。
“诸位，”朱希忠缓缓开口，声音带着久居上位的压迫感，“文华殿之事，想必都清楚了。那林琛小儿，如今是越发跋扈了！借着格物之名，行揽权之实，如今更是将手伸到了取士根本！长此以往，这大明的朝堂，还有我等立锥之地吗？”
一位须发皆白的老勋贵冷哼一声：“国公爷说的是！那小子在通州断我等漕运之利，如今又想动摇科举根基！若让他成了气候，只怕下一步，就要清算我等昔日与严……哼，总之，绝不能坐以待毙！”
另一勋贵接口道：“然则，陛下如今正用他推行新政，且有徐华亭（徐阶）那老狐狸在旁看似默许，我等若正面硬碰，恐非良策。”
张宏尖细的嗓音响起，带着一丝谄媚与阴狠：“诸位公爷侯爷不必过于忧心。皇爷的心思，咱家还是能揣摩几分的。皇爷用林琛，是看中他能做事，能弄来银子，能强军。但皇爷最忌的，就是臣子权柄过重，尾大不掉！林琛如今‘便宜行事’，风头无两，已隐隐有凌驾部院之势，此乃取祸之道也！”
朱希忠眼中精光一闪：“张公公的意思是……”
张宏阴恻恻地笑道：“咱们不必直接攻击林琛，那样太蠢。咱们可以……从他做的事上入手。他搞的那个漕运新章，那个实学取士，难道就真那么完美无缺？鸡蛋里还能挑出骨头呢！只要咱们找到破绽，或者……制造一些破绽，让他的新政出点‘意外’，让陛下觉得他办事不力，或者其新政弊端丛生，惹得天怒人怨……到时候，不用咱们动手，陛下的猜忌，就够他喝一壶的！”
“制造意外？”朱希忠沉吟道，“如何制造？”
“漕运！”张宏压低声音，“漕运牵扯最广，利益最深，也最容易出‘意外’。咱们可以这样……”他凑近几分，低声细语起来。
几乎与此同时，翰林院掌院学士袁炜的值房内，气氛同样压抑。高拱与几位心腹翰林官坐在下首，人人面带不忿。
“袁公，难道就这么算了？”高拱语气激动，“那林琛在文华殿如此羞辱我翰林清誉，若就此罢休，天下士林将如何看待我等？日后这翰林院，还有何颜面立于朝堂？”
袁炜比起那日殿上，神色平静了许多，但眼底深处却藏着一丝冷厉。“高肃卿（高拱字），稍安勿躁。林琛之势，如烈火烹油，看似旺盛，实则已埋祸根。陛下能用他，亦能废他。我等清流，当以静制动。”
他端起茶杯，轻轻吹了吹浮沫：“林琛所恃者，无非‘格物’、‘实学’。然则，治国平天下，岂是区区奇技淫巧所能支撑？其新政看似光鲜，然则更张太快，触动利益太多，如今看似平静，实则怨气已在积聚。我等只需……静观其变，待其弊病自显，或稍加引导……届时，再以堂堂正正之师，纠其偏颇，挽狂澜于既倒，方显我辈本色。”
高拱若有所思：“袁公之意是……收集其新政弊端，等待时机？”
“不止如此。”袁炜淡淡道，“亦可让门生故旧，在地方、在言路，多留意其新政施行中的‘不便’与‘民怨’，多多上达天听。水滴石穿，绳锯木断。陛下圣明，终会看清，何者为根本，何者为枝末。”
而在林琛势力初步渗透的户部、工部等衙门，那些被触动了利益的旧派官吏，也并未坐以待毙。他们或许不敢明目张胆地对抗，却可以采用更为隐秘的方式：拖延公文、提供错误数据、在具体执行中阳奉阴违、甚至暗中串联，孤立新来的实学士子。一股无形的抵抗力量，正在官僚体系的毛细血管中悄然滋生、蔓延。
这些来自勋贵、清流、旧吏的暗流，目标各异，动机不同，却在“遏制林琛”这一点上，形成了某种心照不宣的默契。他们如同潜伏在阴影中的猎手，耐心等待着猎物露出破绽的那一刻。
林琛对于这些暗流并非毫无察觉。王启年掌控的暗中力量，不断将各种零碎的信息汇集过来：成国公府近日密会频繁；翰林院几位官员与地方督抚书信往来密切；户部几个老吏对赵算盘的工作各种不配合……
“部堂，树欲静而风不止啊。”王启年忧心道，“明枪易躲，暗箭难防。他们现在不敢直接针对您，只怕会将矛头对准新政本身，或者……对准那些新来的士子。”
林琛站在格物院的观测台（已加高，可俯瞰小半个京城），望着远处层叠的殿宇楼阁，目光深邃。“我知道。新政推行，本就是逆水行舟。他们不会甘心失败，反扑是必然的。只是没想到，会来得如此快，如此……有默契。”
他转过身，对张居正和王启年吩咐道：“居正，加强对各新政试点，尤其是漕运、盐政、以及那二十八人所在衙门的监察，确保信息畅通，一旦有异常，立刻上报。启年，让你的人盯紧成国公府、袁炜、还有那几个跳得最欢的勋贵和翰林，我要知道他们的一举一动！”
“是！”两人齐声应道。
“另外，”林琛沉吟片刻，“我们不能只被动防守。他们想从新政上找破绽，我们就必须让新政更加无懈可击！燧发枪的量产要再加快，农具改良的推广要扩大范围，尤其是漕运新章，要在更多地方推行，用更多的成功案例，堵住他们的嘴！还有，格物院的研究不能停，要拿出更多、更实用的成果！”
他深知，在权力的角斗场上，最好的防御就是进攻，就是用持续不断、无可辩驳的成功，将对手的生存空间挤压到最小。
然而，暗流既已涌动，风暴便难以避免。数日后，一场突如其来的变故，终于将这潜藏的矛盾，彻底引爆。
这一日，来自山东的八百里加急军报送入京师——并非边关告急，而是一桩令人震惊的漕运大案！
奏报称，一批由江南启运、经漕河北上、装载着苏杭织造贡品和部分税银的漕船，在行至山东东平湖段时，遭遇“水匪”袭击！押运官兵“力战不敌”，数艘漕船被焚毁，大量贡品与税银沉入湖底，损失惨重！
消息传来，朝野震动！
更令人玩味的是，随军报一同传来的，还有山东巡抚和漕运御史的附片，其中隐约提及，此段漕河自推行“新章”后，管理“或有疏漏”，巡防力量“有所调整”，言辞之间，隐隐将此次大案与漕运新政联系起来！
一时间，所有或明或暗的目光，再次聚焦到了工部，聚焦到了林琛身上。
暗流终于冲破了水面，化为滔天巨浪，向着林琛和他所倡导的新政，狠狠拍来！
林琛接到消息时，正在格物院与李志远探讨一种新式纺纱机的改进方案。他放下手中的图纸，脸上并无太多意外，只是眼神瞬间变得锐利如刀。
“终于……来了。”他低声自语，随即对闻讯赶来的王启年和张居正斩钉截铁地道：
“立刻查！我要知道东平湖事件的每一个细节！是天灾，是**，还是……人祸！另外，准备一下，我可能要亲自去一趟山东！”
他知道，这场由漕运大案引发的风暴，将是对他，对格物院，对“新学砥柱”地位的又一次严峻考验。这一次，对手不再仅仅是口舌之争，而是直接动用了血与火的手段！