七颗混沌子核如暗紫色流星坠入多元宇宙的不同角落，所到之处，秩序与稳定被瞬间打破。在以「情绪具现」为文明特色的「心澜宇宙」，居民们的情绪被子核辐射扭曲，喜悦化作癫狂，悲伤凝结成绝望的深渊。街道上，由负面情绪具象化的怪物肆意横行，城市在情绪风暴中摇摇欲坠，连天空都被染成压抑的暗紫色。
「时间回廊宇宙」则遭遇了时间法则的彻底混乱。子核释放的能量干扰了时间流动，过去、现在与未来在回廊中交织碰撞。远古的巨龙与未来的星际战舰在同一片空域厮杀，人们的记忆被随意篡改，整个宇宙陷入时间悖论的漩涡，时间守卫者们的力量在混乱中逐渐失效。
文明联盟通过文明树网络紧急召集所有觉醒者，雷恩看着星图上闪烁的七个暗紫色光点，深知分散的子核比完整的核心更难对付。他将混沌猎人小队分成七支分队，分别追踪不同的子核，同时启动「星火联防计划」，确保各宇宙间能及时支援。
情绪调控师露娜带领团队前往心澜宇宙，他们携带的「心境稳定仪」能中和扭曲的情绪能量。但在接近子核时，遭遇了由极端情绪凝聚而成的「心魔领主」。这些领主能操控人们内心最深处的恐惧，将其具现为致命的攻击。露娜发现，唯有引导人们正视并接纳自己的情绪，才能削弱心魔的力量。
时间学者奥古斯丁率领小队进入时间回廊宇宙，试图修复混乱的时间线。他们驾驶的「时轨修复号」飞船在时间乱流中艰难前行，队员们的身体时而年轻，时而衰老。奥古斯丁在研究中发现，子核正在利用时间悖论不断复制自身，若不及时阻止，整个宇宙将被无穷无尽的子核淹没。
雷恩亲自带领精锐小队，追踪最危险的主量子核。在一片被称为「虚空褶皱」的神秘星域，他们发现子核正与暗物质融为一体，形成一个不断扩张的暗紫色能量场。混沌原始意志的残识再次凝聚，她的形态虚幻却充满压迫感：「雷恩，分散的子核如同星火，终将再次燎原！」
心澜宇宙中，露娜的团队发动「心灵共鸣」行动，通过广播向全宇宙播放温暖治愈的情感故事。当人们被故事触动，心境稳定仪爆发出金色光芒，心魔领主在光芒中逐渐消散。但在接近子核时，大量负面情绪突然汇聚成「终焉情绪风暴」，试图将整个宇宙卷入无尽的黑暗。
时间回廊宇宙里，奥古斯丁的小队利用「时轨锚定器」暂时稳定了部分时间线。但在摧毁子核的关键时刻，时间悖论产生的复制体蜂拥而至，将飞船团团围住。一名队员为保护核心设备，启动飞船的自毁程序，与部分复制体同归于尽。
雷恩在虚空褶皱与混沌意志展开激战，他的攻击被暗紫色能量场吸收转化。千钧一发之际，他引导全宇宙文明通过文明树传递的信念之力，凝聚成「希望之矛」。当矛刺向子核时，引发了剧烈的能量爆炸，子核表面出现裂痕。但混沌意志趁机将子核的能量注入其他六颗子核，加速它们的成长。
其他五支分队也在各自的战场陷入苦战。每颗子核都展现出不同的混沌特性，有的能将物质分解成基本粒子，有的能操控空间折叠。觉醒者们拼尽全力，却只能暂时压制子核的扩张。战后，虽然子核的威胁未被彻底解除，但雷恩意识到，想要真正战胜混沌，必须找到七颗子核的共鸣弱点，发动致命一击。而在宇宙的暗处，暗紫色的子核仍在不断积蓄力量，等待着给文明带来更大的灾难。