混沌猎人小队驾驶着特制的「星痕号」飞船，沿着溯源坐标的指引深入宇宙边缘的「蚀光星域」。这片区域弥漫着浓稠如墨的暗紫色尘埃，所有探测设备在此全部失灵，连空间都呈现出诡异的扭曲形态。雷恩带领队员们依靠文明树赋予的特殊感知力，在尘埃中艰难前行，却发现暗紫色尘埃竟能侵蚀飞船的防护罩，每前进一分，都伴随着能量的急速消耗。
在以「声波构建」为文明基石的「韵律宇宙」，混沌孢子的侵蚀引发了灾难性的声波紊乱。维系城市运转的「共振塔」不断发出刺耳的尖啸，和谐的音波扭曲成撕裂空间的混沌音刃。音乐家们手中的乐器变成了凶器，他们演奏出的不再是美妙旋律，而是能将人化为齑粉的死亡乐章。混沌傀儡在音波中诞生，以声波为食，不断吞噬着宇宙中的声音能量。
「量子镜像宇宙」则陷入了虚实颠倒的危机。暗紫色孢子污染了宇宙的量子纠缠网络，所有物质开始与自身的镜像产生混乱重叠。行星与它的镜像体相互排斥又融合，形成巨大的量子风暴；居民们的身体时而实体化，时而变成透明的量子态虚影，在虚实交替中痛苦挣扎。
文明树网络传来紧急警报，显示混沌核心正在加速吸收星域中的暗物质，其体积已膨胀至月球大小，表面布满跳动的暗紫色脉络。不完美之种残留的量子碎片突然闪烁，投射出警告：「核心蜕变...混沌纪元重启...」雷恩意识到，留给他们的时间已不多，必须赶在核心完全蜕变前将其摧毁。
声波专家艾利克斯带领小队前往韵律宇宙，他们携带的「音序重构器」能将混乱的声波频率重新校准。但在接近共振塔时，遭遇了由混沌音刃组成的「声波利维坦」，它能随意操控音波形态，将攻击化作无孔不入的音浪。艾利克斯发现，唯有找到宇宙诞生时的「创世音波」残响，才能克制这头怪物。
量子物理学家莉娅深入量子镜像宇宙，试图修复崩溃的量子网络。她驾驶的「相位稳定号」飞船在量子风暴中剧烈颠簸，队员们的意识也因虚实交替而出现分裂。莉娅在混乱中发现，暗紫色孢子会干扰量子退相干过程，于是设计出「相位纠缠逆转」方案，利用镜像体的特性将孢子引出。
雷恩带领主力部队继续追击混沌核心，在蚀光星域的深处，他们终于目睹了核心的真容——那是一个不断脉动的暗紫色球体，表面浮现出曾经被混沌吞噬的文明残像。混沌原始意志的残识化作缠绕核心的锁链，发出冰冷的嘲笑：「雷恩，混沌核心是宇宙的伤疤，你们永远无法真正愈合它！」
韵律宇宙中，艾利克斯的团队在古老的「音波圣殿」废墟里，找到了封存创世音波的「共鸣水晶」。当他们将水晶能量注入音序重构器时，金色的创世音波与暗紫色的混沌音浪激烈碰撞，声波利维坦在音波的对冲中逐渐崩解。但在摧毁共振塔核心时，大量混沌孢子被释放，形成了覆盖整个宇宙的「音障囚笼」。
量子镜像宇宙里，莉娅的团队成功启动相位纠缠逆转程序，将暗紫色孢子引入镜像空间。然而在关闭通道的瞬间，量子风暴突然加剧，一名队员为稳定空间结构，选择将自己的意识永久留在量子网络中。
雷恩在混沌核心前与混沌意志展开最后的对决，他挥动凝聚全宇宙信念的存在之剑，却发现攻击被核心表面的暗紫色脉络吸收转化。关键时刻，他引导文明树传来的生命之力，与存在之剑融合，斩出「生机裁决」。金色的剑光穿透核心表面，却引发了核心的剧烈反噬，暗紫色能量如潮水般涌出，试图将整个星域吞噬。
千钧一发之际，艾利克斯与莉娅带领各自的小队及时赶来支援。他们将韵律宇宙的创世音波与量子镜像宇宙的相位之力注入文明树网络，形成一道「多维封印」。在全宇宙文明的共同努力下，混沌核心的暴走趋势被遏制，但核心在最后时刻分裂成七颗暗紫色的「混沌子核」，散落在宇宙的不同角落。雷恩望着四散的子核，握紧手中的剑，知道这场追猎才刚刚进入最艰难的阶段。