朱由校充分利用他那前所未有的威望以及救世主的身份，在身体状况稍有起色之后，毫不犹豫地以雷霆万钧之势推行了他精心筹备已久的全面改革计划。
在政治领域，巧妙地借助清算白莲教以及朝中那些与白莲教暗通款曲之人的契机，对吏治进行了一次彻底的整顿。杨涟以其铁面无私的态度，毫不留情地将一大批庸官和贪官拉下马，使得官场风气为之一新。
与此同时，正式下达旨意，确立“格物学”与经学具有同等重要的地位，并将其纳入科举选官的范畴。为了推广这一学科，他下令在全国各地兴办格物学堂，培养更多精通格物学的人才。
在军事方面，对京营进行了改组，全面换装了经过改良的火器，以提升军队的战斗力。此外，他还设立了“讲武堂”，专门用于培养新式军官，为军队注入新的活力。
值得一提的是，在骆思恭的“内厂”基础上，整合各方资源，成立了一个直属皇帝的特殊机构——“钦天监·异闻司”。这个机构由徐光启兼任领导，其职责是专门研究、监控和应对一切超自然现象以及可能对国家造成威胁的事物。宋应星等格物院的骨干成员也成为了这个机构的中坚力量。
在经济与农业方面，“经特衙”的权力得到了进一步的巩固和加强。这使得他们能够更有效地推动番薯、玉米等新作物的广泛推广。官府不仅提供了优质的种子，还派遣专业的技术人员进行指导，以确保这些新作物能够在各地顺利种植。经过一段时间的努力，这些新作物的推广取得了显着的成效，粮食产量大幅增加，为国家的稳定和发展提供了坚实的基础。
与此同时，政府还对盐政和漕运进行了改革，以提高效率和降低成本。此外，为了稳定物价，政府还尝试发行银元，这一举措在一定程度上缓解了通货膨胀的压力。
在对外政策方面，政府有限度地开放了海禁，允许与海外番商进行贸易。在广州和泉州设立了“市舶司”，专门负责管理对外贸易事务。与弗朗机（葡萄牙）、红毛夷（荷兰）等海外番商的贸易往来逐渐增多，这不仅为国家带来了丰富的海外资源和白银，还有可能获取到一些奇异之物或知识。
然而，外部环境依然存在一些挑战和不确定性。在北方，林丹汗的去世导致蒙古诸部陷入了混战，边关的压力虽然有所减轻，但朱由校清楚地认识到，草原的威胁源于其恶劣的生存环境，这种威胁并没有从根本上消除。
在辽东地区，袁崇焕传来奏报，努尔哈赤由于年老体弱，再加上听闻明帝在漠北显圣的消息，心中忧惧交加，病情愈发严重。建奴内部围绕着汗位继承问题，暗流涌动，各方势力明争暗斗。其中，皇太极的势力逐渐上升，成为了汗位的有力竞争者。
大明进入了一个难得的和平发展期，国力以肉眼可见的速度恢复、增长。然而朱由校并未有丝毫放松，他清楚，内部的腐化、外部的强敌（蒙古、建奴、西方殖民者）依然存在，而最大的威胁——“湮灭之影”如同悬顶之剑，不知何时会再次落下。