刘邦被封为汉王后，赐樊哙为列侯，号临武侯，并升为郎中，随汉王刘邦进入汉中。
刘邦在汉中站稳脚跟后，用名将韩信指挥还定三秦之战，从而拉开了楚汉战争的序幕（所谓“三秦”，是项羽为了困锁可能与其争夺天下的刘邦，将巴、蜀、汉中分封给刘邦后，又将关中地区分割为三个部分，分别封秦王朝降将章邯为雍王、司马欣为塞王、董翳为翟王，是为三秦。项羽如此分封，目的是希望用三秦王控制关中，防止刘邦东进）。
楚汉之争开始后，樊哙带兵在白水北面攻打西县县丞的军队，在雍县南面打败雍王的轻快车骑部队；跟随汉王攻打雍、斄二城时，樊哙首先登城；在好畤攻打章平的军队时，樊哙同样率先登城冲进敌阵，斩杀县令、县丞各一人，斩获十一人的首级，俘虏二十人，被提升为郎中骑将；跟随汉王在壤乡东击退秦军车骑部队，被提升为将军；之后，在攻打赵贲，占领郿县、槐里、柳中、咸阳，引水灌废丘等战役中，樊哙都是功劳最大的。到栎阳后，汉王赐杜陵的樊乡为樊哙的食邑。再之后，跟随汉王攻打项羽，血洗煮枣；在外黄打败王武、程处的军队，攻占邹县、鲁县、瑕丘、薛县等县。一路打来，可以说樊哙都是战功赫赫，特别是跟随高祖袭击项羽，占领阳夏时，俘虏楚将周将军、士卒四千人；在陈县包围项羽，把几乎是战无不胜的项羽打得大败，并血洗胡陵。
这是樊哙在楚汉之争中的功绩。
项羽死后，刘邦坐上皇帝宝座，异姓王开始陆陆续续反叛，樊哙跟随高祖攻臧荼，擒韩信，平韩王信，打陈豨，击卢绾，同样是战功累累。司马迁在《史记·樊郦滕灌列传》中专门列举了樊哙的赫赫战功。据《史记》记载，樊哙跟随高祖征战时，共斩敌首一百七十六个，俘虏敌兵一百八十八人。他自己单独带兵打垮七支敌军，攻下五座城池，平定六个郡、五十二个县，俘虏敌人丞相一人，将军十二人，二千石以下到三百石的官员十一人。
可以说樊哙是汉王朝从建立到稳定的重大功臣。
从樊哙的累累战功中可以看出，他不愧是一个见血不眨眼的刽子手。
高祖对功臣论功行赏时，改赐樊哙为列侯爵位，赐舞阳为其食邑之地，号舞阳侯。和诸侯一样剖符为信，要使其爵位世代相传。
由于樊哙一直跟随在高祖左右，并且战功累累，加上娶了吕媭为妻，和高祖的关系就更是密切。
可就是这种密切关系，也险些被高祖诛杀。
公元前195年，高祖刘邦率兵打败叛军英布后回到长安。刚回到长安，原来的创伤便发作病倒了。在这个时候，高祖听说燕王卢绾又叛变了。作为和高祖同年同月同日生的至密好友，卢绾的叛变，对高祖的打击非常大，虽然派樊哙以相国的身份率军去讨伐，但心里仍然感到非常气愤。可当樊哙领兵离开京城后，便有对樊哙不满的人在高祖面前奏本说“樊哙跟高后串通一气，想在皇上百年后图谋不轨，皇上可得早加提防啊！”
高祖对高后干预朝政早就不满，只是想到自己在世时，高后也不能对朝政怎么样，现在听说高后竟然和她的妹夫串通一气，要在自己死后图谋不轨，感到情况严重，担心樊哙利用手上掌握的兵权作乱，便决定临阵换将。但高祖拿不定主意究竟如何处理更好，便把陈平找来商议后。陈平给高祖出谋，建议高祖派一个人去樊哙军中传令，同时安排一个将军暗随传令者，趁樊哙前来接旨的机会，将其处斩。
听了陈平的建议，高祖便顺势派陈平作传令使者，让陈平以个人名义前往樊哙军中传诏，让周勃暗随陈平，诛杀樊哙后，由周勃代替樊哙平息英布的叛乱。
刘邦清楚高后在朝廷上下的影响，担心高后得知消息后作梗，为防止意外出现，高祖要求陈平尽快把樊哙的人头取来让他验看。
陈平完全没想到自己给高祖出主意，自己却被高祖套了进去。他自然清楚高祖、高后、樊哙、吕媭之间的微妙关系，虽然他并不知道有人在高祖面前奏本的事，却知道高祖对高后的不满，清楚处理此事的棘手。但为了在高祖面前表现出忠诚，陈平马上便和周勃动身前往樊哙军营。途中，陈平将自己心中的顾虑告诉周勃，周勃虽然不大瞧得起陈平，但对陈平的过人之处还是认同的。两人边走边合计，陈平说：“樊哙不仅是陛下的老部下，又是汉王朝建立的累累功臣，还是太后的妹夫，是皇亲国戚，位高爵显。眼下，陛下在气头上要我们去杀他，万一陛下后悔，我们怎么办？高后姐妹二人必然会在陛下面前搬是弄非，到那时高祖只能拿我们两人来平复高后姐妹的情绪，毕竟疏不间亲，到时候我们两人必然是吃不了兜着走。”
在处理棘手问题上，周勃肯定不如陈平，听了陈平的话后问道：“难道我们把樊哙放了？”陈平说：“放肯定是不能放，我们不如把他绑上囚车送到长安，要杀要赦，让皇上自己决定。”听了陈平的话后，周勃自然觉得是好主意，便认同了陈平的主意。
以陈平的头脑，肯定不会做没有退路的事。
到樊哙的军营后，陈平马上命随行人员在樊哙的军营前修筑起一座高台，作为传旨的地方，另外派人持节去传樊哙。
樊哙已经知晓皇上派使者来传旨的消息，当然，他并不知道皇上有什么旨意给自己。听说只有陈平一个文臣，便认为只是传达平常的敕令，没有多想，便一个人骑马赶来接诏。不料，刚到传旨台，周勃忽然从背后转出来，并当即将樊哙拿下，钉入囚车。之后周勃马上赶到中军大帐，传达皇上旨令，接替樊哙的主将之职，继续攻打英布，陈平则押解囚车返回长安，向高祖复命。