联盟舰队返回地球轨道时，恰逢北极上空出现罕见的极光，绿色的光带如绸带般缠绕着星球，却在大气层边缘隐隐泛着淡紫色的暗能光晕。陆沉带着核心团队抵达联盟地球分部，地下实验室中，存放着从三星堆、金字塔等远古遗址发掘的文明样本，此刻这些样本都在微微震颤，表面浮现出与封印纹路相似的金色纹路。
考古学家凯伦正对着全息投影的地质扫描图发愁，看到陆沉进来，立刻上前道：“陆队，地球地心的暗能指数在过去十二小时内暴涨了三倍！地质扫描显示，地心存在一个直径约百公里的球形区域，那里的地质结构与地幔、地核完全不同，正是封印的核心位置。”他指着扫描图上的红色区域，“更奇怪的是，全球各地的远古遗址都出现了能量异常，富士山的火山活动加剧，马里亚纳海沟的地壳板块异常异动，这些都与地心封印的松动有关。”
埃琳娜将水晶权杖轻贴三星堆出土的青铜神树，杖尖绿光流转，神树的枝干上突然浮现出金色纹路，与记忆晶板上的盘古文明纹路完美重合。“星环族古籍记载，地球是神级文明的‘最后封印之地’，由盘古文明负责守护。地心的封印是整个封印体系的核心，一旦破碎，暗域之主就能完整降临。”她顿了顿，调出古籍的电子译本，“古籍还说，加固封印需要‘盘古三钥’，分别藏在地球三大远古文明遗址中。”
苏晴立刻将三大文明遗址的坐标标注在星图上：“古埃及的胡夫金字塔、中国的三星堆遗址、玛雅的太阳金字塔！这三个地方的能量波动与地心封印完全同步，应该就是密钥的存放地。但根据最新情报，暗能同盟已经在富士山建立了临时基地，用暗能装置抽取地热能，传输到地心封印处，试图加速封印松动。”
陆沉当机立断，制定作战计划：“我带陈默、埃琳娜前往富士山，摧毁暗能装置，阻止他们抽取地热能；夜影率影族部队潜入地心封印区域，侦查封印破损情况；苏晴留在分部，破解远古文明样本，寻找盘古三钥的具体位置；菲尼克斯和棱光带领舰队在地球轨道巡逻，防止暗能同盟的舰队突袭。”
富士山脚下，茂密的森林已被暗能污染得枯黄，树木的枝干扭曲如鬼爪，地面上布满暗紫色的能量纹路，通向一处隐藏在山洞中的基地。陆沉三人穿着抗暗能防护服，借着树林的掩护靠近山洞。洞口有两名暗能守卫，他们的躯体由暗能和火山岩混合而成，手中的暗能斧泛着红光，斧刃划过空气留下暗能轨迹。
“交给我。”陈默扛起改装后的双核炮，炮口对准洞口的暗能屏障，“新型星晶穿甲弹，专门克制暗能防御。”炮弹射出的瞬间，翠绿光芒穿透屏障，在山洞内爆炸，守卫的躯体被能量波震得粉碎。三人趁机冲入山洞，洞内的景象令人心惊——数十台暗能装置整齐排列，连接着深入地下的能量导管，导管末端插入火山岩浆层，将滚烫的地热能转化为暗能，通过地下岩层传输向地心。
“这些装置之间有能量联动，摧毁一台会引发连锁爆炸，必须同时破坏所有装置的核心！”埃琳娜将水晶权杖插入地面，淡绿色的能量流顺着地面蔓延，暂时阻断了能量传输，“每个装置的核心都镶嵌着一块小型暗晶，只要同时破坏这些暗晶，就能彻底摧毁装置。”陆沉环顾四周，将装置分为三组：“陈默负责左侧十台，埃琳娜负责右侧十台，我负责中间的主控装置，听我口令同时动手！”
三人各就各位，陆沉数到三的瞬间，能量刀、圣辉光束和双核炮同时发难。陆沉的刀身刺入主控装置的暗晶，翠绿光芒爆发；埃琳娜的权杖射出圣辉光束，精准击中右侧装置的核心；陈默的炮弹炸碎左侧装置的暗晶。“轰——”数十台装置同时爆炸，暗紫色的能量雾弥漫山洞，三人被冲击波震倒在地，防护服的护罩瞬间降到最低。
就在这时，山洞深处传来一道冰冷的笑声：“不愧是宇宙守护联盟的守护者，竟然能破坏我的计划。”一道高大的身影从暗雾中走出，周身环绕着墨色暗能，面容被暗雾遮蔽，只露出一双红光闪烁的眼睛。“你是谁？”陆沉握紧能量刀，警惕地盯着对方。对方抬手散去暗雾，露出一张带着暗域纹路的脸：“我是暗域使者的仆从，盘古文明的叛徒——烛阴！”
“盘古文明的叛徒？”埃琳娜的权杖泛着强烈绿光，“你竟然帮助暗域之主破坏自己文明守护的封印！”烛阴冷笑一声，周身暗能化作数条触手，朝着三人袭来：“盘古文明早已覆灭，只有暗域之主能给我永恒的生命！你们这些外来者，根本不配守护地球！”陆沉三人并肩作战，能量刀、圣辉和双核炮的能量交织成防线，挡住暗能触手的攻击。
激战中，陆沉发现烛阴的暗能有明显的弱点——他眉心的暗晶印记与暗纹的相似，且印记纹路与盘古文明的封印纹路相反。“埃琳娜，用盘古纹路的能量攻击他的眉心！”陆沉大喊着，纵身跃起吸引烛阴的注意力。烛阴果然挥拳攻向陆沉，眉心印记暴露在外。埃琳娜抓住机会，将水晶权杖的能量转化为金色封印纹路，一道光束精准击中印记。
烛阴发出一声惨叫，眉心印记碎裂，周身暗能溃散。他踉跄着后退，眼中充满不甘：“你们赢不了的……暗域使者已经找到了第一把盘古密钥……地心封印撑不了多久了……”说完，他的躯体化为暗雾消散。陆沉走到能量导管旁，发现导管内的暗能已经停止流动，松了口气：“装置被摧毁了，但暗域使者已经拿到了一把密钥，我们必须尽快找到另外两把。”
此时，苏晴的通讯传来：“陆队，我破解了三星堆的文明样本！第一把密钥藏在三星堆的青铜神树根部，第二把在玛雅太阳金字塔的顶端，第三把在胡夫金字塔的国王墓室中！但暗能同盟的舰队已经朝着玛雅金字塔出发了！”陆沉立刻带着陈默和埃琳娜赶往玛雅遗址，当他们的登陆舱抵达时，看到暗能同盟的战舰正在轰炸金字塔，暗域使者的身影正顺着金字塔的台阶向上攀登。
“阻止他！”陆沉纵身跃出登陆舱，能量刀斩向暗域使者。暗域使者侧身避开，手中的暗晶钥匙泛着紫光：“陆沉，你以为凭你能阻止我吗？盘古三钥即将集齐，暗域之主的降临已是定局！”他挥手甩出一道暗能波，陆沉被震退数步。埃琳娜趁机将圣辉能量注入金字塔，激活了远古防御阵法，金色纹路从金字塔表面浮现，挡住了暗能同盟的炮火。
陈默驾驶登陆舱冲撞向暗域使者的战舰，双核炮连续击中舰身，迫使战舰撤离。陆沉抓住机会，冲向金字塔顶端，与暗域使者展开激战。两人的身影在金字塔顶端交错，光刃与暗能的碰撞照亮了整个雨林。陆沉凭借对盘古纹路的理解，逐渐占据上风，他看准时机，一刀劈向暗域使者手中的密钥。
暗域使者惨叫一声，密钥脱手飞出，陆沉纵身接住。就在此时，地心传来剧烈震颤，苏晴的声音带着惊恐：“陆队，地心封印的裂痕扩大了！暗能已经开始渗透地壳，全球多地出现地震和海啸！”陆沉看着手中的密钥，对众人道：“立刻前往古埃及和三星堆，集齐三钥，加固封印！地球的安危，就靠我们了！”