北极的“白夜”现象笼罩着冰原，太阳在地平线附近徘徊，将冰层染成金色。陆沉和队员们穿着厚重的防寒服，踩着冰爪在冰原上行走，赵刚早已在约定的地点等候，他的脸上带着愧疚：“陆队，对不起，我不是故意背叛你们的，我女儿被他们绑架，我不得不服从。”陆沉拍了拍他的肩膀：“过去的事就让它过去，现在我们需要你的帮助，摧毁‘白夜’基地。”
赵刚拿出基地的地图：“‘白夜’基地建在一座废弃的北极观测站下面，入口藏在冰缝里，里面有地热系统，温度在15度左右。基地的核心是‘基因控制室’，里面存放着‘天罚’的原始毒株，只有‘衔尾蛇’的基因才能打开。”他指着地图上的红色区域，“这里有‘盘古’的最后一道防线——基因机器人，它们能识别非‘盘古’成员的基因，发起攻击。”
众人跟着赵刚来到冰缝入口，入口处的冰层上刻着“衔尾蛇”的图腾。苏晴将“衔尾蛇”的基因样本放在扫描仪上，冰缝的大门缓缓打开，露出一条通往地下的通道。通道里的墙壁上安装着显示屏，播放着“盘古”的宣传视频：“我们要通过‘天罚’毒株，筛选出最优质的人类基因，建立新的世界秩序。”张毅的声音带着愤怒：“这是反人类的罪行，我们必须阻止他们。”
走到通道尽头，是一间巨大的控制室，里面有十台基因机器人，它们的外形像人形，手臂上装着激光武器。“基因机器人的传感器在头部，只要破坏传感器，它们就会失去行动能力。”赵刚说，“但它们的反应速度很快，我们需要分散它们的注意力。”陆沉安排队员们分成两队，一队从左侧吸引机器人的注意力，另一队从右侧冲向“基因控制室”。
战斗开始后，陈默带着队员用手雷轰炸机器人的周围，机器人立刻转向左侧发起攻击。陆沉带着苏晴、张毅和赵刚趁机冲向控制室，控制室的门需要“衔尾蛇”的基因和密码双重验证。苏晴将基因样本放在扫描仪上，赵刚输入密码：“密码是‘衔尾蛇’的代号，‘深渊之主’。”门缓缓打开，里面的培养舱里装着淡绿色的液体，正是“天罚”的原始毒株。
“衔尾蛇”的哥哥站在培养舱前，他的外形与“衔尾蛇”十分相似，手里拿着一个遥控器：“你们终于来了，我等你们很久了。”他按下遥控器的按钮，培养舱的玻璃开始出现裂纹，“只要我再按一下，原始毒株就会泄漏，北极的冰盖融化后，病毒会随着洋流扩散到全球。”陆沉举枪对准他：“放了毒株，我可以让你接受公正的审判。”
“审判？我不需要审判！”他狂喊道，“‘盘古’的计划是伟大的，你们这些凡人根本不懂！”他突然按下遥控器，培养舱的玻璃破碎，毒株开始泄漏。张毅立刻将提前研制的销毁剂倒入培养舱，淡绿色的液体瞬间变成黑色，失去了毒性。“不可能！”他不敢相信地看着培养舱，“我的毒株怎么会被销毁？”
赵刚突然从后面将他按在地上：“我早就知道你会这么做，提前让张毅改良了销毁剂。”陆沉走到他身边，“‘盘古’的所有据点都被摧毁了，你的计划已经失败了。”他却冷笑着说：“你们以为这就是全部？我在全球的饮用水系统里投了‘天罚’的潜伏毒株，只要我按下信号器，它们就会激活！”
苏晴立刻拿出平板，破解他的信号器频率：“我可以干扰信号器的传输，只要三分钟！”陆沉按住他的手，不让他按下信号器。陈默带着队员冲进控制室，将他制服。苏晴成功干扰了信号器：“搞定了！潜伏毒株不会被激活了！”众人松了口气，基地的广播系统突然响起警报，“基地将在十分钟后爆炸，请所有人员立即撤离！”
众人沿着通道往外跑，基因机器人已经被全部摧毁。冲到冰原上时，基地的爆炸在冰原上形成一个巨大的坑，淡绿色的烟雾在空中消散。“盘古”的最后一名核心成员被押上直升机，陆沉看着北极的冰原，终于露出了释然的笑容。苏晴走到他身边：“‘盘古’彻底覆灭了，我们可以休息了。”
回到中国后，赵刚因为戴罪立功，被判处缓刑，他的女儿也被安全解救。张毅和张岚加入了国家生物安全实验室，致力于病毒防控研究。陈默带着“利刃”小队继续执行反恐任务。陆沉和苏晴则留在国际反恐组织，负责清理“盘古”的残余势力。
半年后的一天，陆沉和苏晴在日内瓦湖边散步，樱花正在盛开。“没想到我们还能在这里看樱花。”苏晴笑着说。陆沉却指着远处的一名男子，他戴着黑色帽子，手里拿着一个相机，正在对着他们拍照。男子察觉到被发现，转身就走。陈默立刻追上去，抓住他后发现，他的口袋里有一枚“盘古”的图腾戒指，内侧刻着“重生”的字样。
陆沉看着戒指，眼神凝重：“看来战斗还没有结束。”苏晴握住他的手：“不管还有多少敌人，我们都会一起面对。”远处的卫星电话突然响起，是总部打来的：“陆沉，有新的任务，中东发现了‘盘古’的残余势力，他们在研制新的病毒。”陆沉挂断电话，对苏晴笑着说：“走吧，樱花下次再看。”两人朝着机场的方向走去，身影被夕阳拉得很长，身后的樱花依旧盛开，却藏着未尽的战场与守护的决心。