神州之南有仙山名曰云穹，峰入九霄，终年紫气缭绕。山中有修者结庐而居，餐霞饮露，世人谓之仙侠。
时值隆冬，朔风如刀。少年陆明轩负薪行于山径，忽见崖畔有紫光吞吐。近观之，乃一株九叶紫芝，方欲采撷，骤闻雷霆炸响，乌云间探出青色巨爪，竟有妖物俯冲而下！明轩骇极跌坐，忽见一道白虹自西而来，剑光过处妖首分离，血雨洒空。老者御剑而立，鹤发童颜，袖袍翻卷间妖尸已入囊中。
“孺子可畏否？”老者笑问。明轩伏地叩首：“求仙师收录门墙！”老者捻须沉吟：“吾乃玉虚真人，观汝根骨清奇，然仙路艰险，汝能持否？”明轩再拜：“虽九死其犹未悔！”真人颔首，袖中飞出青玉牌符：“三日后子时，于此候我。”
明轩归家，见茅屋漏雨，老母卧病在床。心下踌躇间，邻女苏婉携药而来。此女乃医者之女，素与明轩相善。闻仙缘之事，婉正色道：“伯母有我照拂，君当逐凌云之志。”遂取贴身玉佩相赠：“此乃家传辟邪玉，愿保君平安。”
三日后的子夜，明轩立于绝顶。忽见星斗倒旋，云海中现出九重玉阶。真人踏月而来：“此乃登仙梯，过之者可入我门。”明轩举步欲登，却觉重若千钧。方踏七阶，忽闻身后哭喊声，回首竟见家中起火！心神剧震时，真人喝道：“魔障耳！”明轩猛醒，咬破舌尖继续攀登，终达峰顶时已是血肉模糊。
玉虚洞天内，真人授《太虚凝元诀》：“修仙之道，重在炼气化神。气分九转，一转一重天。”明轩于寒潭畔结庐，每日寅时采东来紫气，午时观想周天星辰。三月后丹田生暖流，竟能御风折梅。真人见之曰：“可习剑术矣。”
剑冢秘境中，万剑嗡鸣。明轩循感应在乱石间取得锈剑一柄，真人抚掌大笑：“此乃千年未认主的星河古剑！”遂传《璇玑剑诀》。明轩练剑三载，某日舞剑时忽引动九天星辉，锈迹剥落处剑身如银河流转。
是夜真人召之：“南疆有黑山老妖作乱，汝当往诛之。”明轩御剑南行三千里，见赤地千里，枯骨遍野。于血池洞中发现老妖正在炼化童男童女，当即怒斩剑气。激战间妖雾弥漫，星河剑竟被污秽所困。危急时怀中辟邪玉大放光华，苏婉虚影显现：“以离火焚邪！”明轩悟得火系法诀，终将老妖斩于剑下。
归途救下被狼妖围攻的青衣少女，竟是蜀山弟子楚红绫。此女性烈如火，与明轩联手诛灭狼群后笑道：“不如比试谁先到云穹山？”二人御剑竞速，同时抵达山门。玉虚真人见之讶然：“天机预示双星降世，莫非应在此处？”
忽有九天仙使驾临，言魔尊破封在即，命三十六洞天共商除魔大计。明轩随师赴昆仑仙会，见群仙云集。蜀山掌教出示昊天镜，镜中显现西北荒漠有幽都魔城正在升起。众仙推演天机，算出唯有寻得上古神器东皇钟方可镇压。
明轩与红绫奉命往东海寻宝。途经桃花秘境时遇琴仙宓妃，得闻需以真心奏响太古遗音方现仙岛。明轩以竹笛奏《云水吟》，红绫舞剑相和，海面骤现璇玑仙岛。岛上守镜老者设问心局：“若救苍生需舍至亲，当如何？”明轩沉思良久答：“必寻两全法。”老者叹：“痴儿，且去罢。”竟赐东皇钟仿品。
回归时恰遇魔君袭击蜀山。但见黑云压城，魔蛟摧山裂石。明轩布两仪剑阵与魔君大战，红绫为护百姓身受重创。明轩悲愤中突破至金丹境，引天雷重创魔君。忽闻钟鸣九霄，东皇钟仿品自发护主，方知此乃真品所化。
玉虚真人以百年修为助红绫重铸肉身，叹道：“幽都魔城乃上古战场，内有十万怨灵。”明轩毅然请命深入魔域。穿过九幽黄泉时，得孟婆指点：“须得三生石照见本心。”明轩于忘川河中见前世竟是被自己斩灭的黑山老妖，心神俱震。孟婆曰：“善恶存乎一心，前尘非汝罪。”
魔城核心处，魔尊正引地脉阴气冲蚀九天结界。明轩祭东皇钟与之抗衡，钟声激荡间忆起前世：原为玄门修士，为救苍生入魔道却被反噬。魔尊大笑：“你我本一体！”明轩道心几溃时，腰间玉佩再放清光，苏婉声音穿越时空：“念在当下！”明轩蓦然觉醒，以太虚诀将魔气导入东皇钟，喝道：“今日当斩前尘！”
惊天爆炸中魔城崩塌，明轩以金丹为引封印通道。魂飞魄散之际，东皇钟忽然倒转时空，九天玄女现身曰：“舍身证道，可承天帝位。”明轩却道：“愿换红绫重生。”玄女叹：“情劫最难渡。”挥袖间山河倒转。
明轩睁眼竟回到初遇真人之时，然怀中多出东皇钟烙印。此番重来，他提前三年筑基，更救下本应遇难的苏婉。然天机变幻，魔尊亦提前复苏，联合南海龙族反攻仙界。明轩不得不前往西昆仑求取蟠桃灵根，途中遭遇时空乱流，遇见未来已成魔尊的自己。
未来明轩冷笑：“无论重来几次，终将归於魔道。”现世明轩剑指其心：“你非我！”双剑交击时悟得斩三尸之法，终将心魔诛灭。西王母赐桃枝时言：“此枝需以真心血浇灌。”明轩日夜以精血培育，三年方得花开，却因元气大损遭龙族围攻。
危难时红绫率蜀山弟子来援，婉儿女医仙之术救死扶伤。三人联手布天地人三才阵，引周天星辰镇杀龙王。然东海水族暴动，明轩不忍屠戮，竟以蟠桃枝点化怨灵，感得观音法相显现，净瓶水洒处万千水族得度。
最终决战于不周山遗址。魔尊现出万丈魔躯，言明轩实乃其善念所化。明轩大笑：“善念既存，便是天道！”合众生愿力催动东皇钟，忽觉九天之上另有操纵命运的黑手——原来诸般魔劫皆为天庭考验。紫微帝君现身：“欲以杀劫筛选天帝，而今知众生可贵。”明轩却掷还帝冠：“宁做人间逍遥仙。”
百年后云穹山百花盛开，明轩开宗立派。左有红绫执掌刑堂，右有婉儿主管丹阁。讲道之日天女散花，明轩望向下界负薪少年，含笑掷出一道玉符。星河剑鸣响彻云霄，新的传说正在展开。