剿灭了几座山寨和村落之后，官军凶残好杀的名声迅速传遍了永宁及其周边各地，百姓无不胆战心惊。
只要看见官军的旗帜，各地头人百姓无不俯首听命，无人敢有违抗之举，因为稍有迟疑或耍小手段的，都已经成了刀下亡魂。
接着明军全面接管了所有地区和村寨，凡有人烟聚集之处，皆有明军驻守看管，层层布防，严密控制，毫无疏漏。
但这不过是表面说辞罢了。忠臣还是叛贼，其实全凭朱由校一句话定夺。
若只是为了打仗，剿灭一个奢崇明，他又何必亲自赶来此地。
真正意图在于土司改制，推行改土归流，只有如此，才能打破根深蒂固的等级制度，解救底层百姓脱离苦难。
西南地区大小土司，少说也有六七百之多，不杀几个典型，抓几个首恶，这改土归流便难以推进。
全面掌控永宁宣慰司之后，随即展开了一次简要的人口清查，发现十几万黑户与隐户，还有数量庞大的奴隶。
这些人从未在地方官府或户部的名册上登记，仿佛从未存在于世间一般。
这是历代封建王朝的顽疾，几乎每个朝代都存在类似情况。
朱由校特地调遣成都的官员来到永宁，着手为这些人口重新登记户籍，并从缴获的粮草中拨出一部分先行供给，以稳住局势，防止生乱。
待四川局势彻底稳定之后，便开始分配田地与房屋，正好从土司手中收缴了大量土地，正需人来耕种经营。
朱由校将永宁宣慰司下的各土司首领召集一处，却没有立刻采取任何措施。
也没有宣布改土归流的计划，只是简单见了一面，便将他们集中看管起来。
此时他另有要事在身，那便是出兵平定贵州安氏之乱，这是一块难啃的硬骨头。
不论实力还是根基，安邦彦都远胜奢崇明不知多少。
他不敢有丝毫懈怠，留下朱燮元与王平所率部队镇守永宁，自己则带领羽林军、秦良玉的土司兵，以及鲁钦统领的成都军队，共约五万人，迅速南下进入贵州平定叛乱。
此时贵州北部已然陷入混乱，安邦彦率先集结七万兵力进攻贵阳，没想到贵州巡抚李枟早有防备。
安氏连续猛攻数日，伤亡五千余人，贵阳城依旧坚如磐石，纹丝不动，只得愤然撤军，转而攻打其他州县。
贵州本地卫所兵难以抵挡，连战连败，只能困守城中，静待朝廷援军到来。
安邦彦趁朝廷注意力集中在奢崇明身上，大举出兵，攻城略地，占领多座城池。
贵州北部大片土地相继失守，安邦彦统率的军队竟膨胀至十三万人，声势浩大，整个贵州仿佛进入了一个新的局面。
李枟多次向邻省发出文书，请求派遣军队支援，以遏制局势恶化，避免陷入无法收拾的地步。然而，各省皆无动于衷，无人愿意出兵。他们给出的说法是，此事发生在贵州境内，应由贵州巡抚自行处理，与旁省无关。
李枟别无他法，只得连续上呈三道奏章，命快马加鞭送往京城，呈交朝廷与皇帝，请求尽快派遣精锐部队前来贵州平定叛乱。
同时，李枟还下达严令，无论何人，不论局势如何变化，未经他亲自下令，贵州境内不得调动一兵一卒前去与叛军野战，违者立刻斩首示众。
面对李枟坚守待援的战略意图，安邦彦并非毫无察觉。于是他再度集结重兵，转而围攻贵阳。
正当贵阳危如累卵之际，朱由校的援军终于进入贵州地界。
朱由校在查阅军情报告并了解贵州局势后，迅速拟定了讨伐安邦彦的作战计划。
他将手中五万军队分为三路。第一路由他亲自统领羽林军两万余人，直指水西大方，意图迅速摧毁安邦彦的老巢。
第二路由秦良玉担任主将，率领其白杆兵及各地土司部队，沿最快官道急行军直扑贵阳，以阻挡安邦彦回援，为朱由校争取时间，在安邦彦返程前夺取水西、大方等地。
第三路由鲁钦统领，负责攻取织金、普定等地，最终收复安顺，建立一道牢固的防线，以防安邦彦战败后向南逃窜。
然而，部署尚未完成，朱由校便接到一份紧急军报，称安邦彦已从贵阳撤军，正全速回撤。
这让朱由校颇感意外，难道安邦彦提前预知了自己进入贵州，所以能及时回撤？
无奈之下，朱由校只能调整部署。鲁钦所部任务不变，但不得休息，必须立即出发，夺回织金、普定与安顺等地。
秦良玉则与皇帝会师，集中优势兵力迅速攻克大方，并在当地设防，准备迎敌。
虽然大方是安邦彦的老巢，但因他抽调了大量兵力进攻贵阳，导致城中守军极为薄弱。
尤其在见识过官军火炮威力之后，守军当即弃械投降，根本不敢反抗。这种威力巨大的新式武器，对他们来说闻所未闻。
朱由校几乎未遇抵抗便攻下大方，随即在此地安营扎寨，休整军队，恢复体力与战力，准备与安邦彦决战。
安邦彦得知自己最重要的据点被官军攻占，怒不可遏，立即下令全军加速回援，企图趁明军立足未稳之时夺回大方。
安邦彦的部队在大方城郊与官军展开了一场野外战斗，伤亡共计三千多人。
安邦彦首次亲眼目睹火器与大炮的威力，心中震撼不已，立即下令部队撤退。
此后，双方又发生了数次小规模冲突，叛军接连失利，损失兵力两千有余。
自开战以来，一直是官军主动发起进攻，而安邦彦始终处于被动防御状态，处处受制于人。
战不能胜，守亦难保，再加上官军时不时用火炮进行远程打击，叛军的士气迅速跌至谷底，早已没有了先前攻城略地时的嚣张气焰。