金色光辉笼罩米花市不过半月，阿笠博士实验室的空气仿佛还残留着胜利的余温，却被多维预警系统骤然爆发的刺耳警报彻底击碎。灰原哀原本专注于分析圣树数据的银灰色眼眸瞬间收紧，监测屏幕上，代表量子圣树的金色脉络正以肉眼可见的速度被暗紫色纹路蚕食。那些暗紫色如同邪恶的藤蔓，沿着金色的生命之线疯狂蔓延，树冠投影在星图中的轮廓边缘泛起诡异的毛刺，宛如被腐蚀的伤口，每一秒都在扩大。
“是虚熵矩阵，”灰原哀的声音紧绷如弦，指尖在操作台疯狂敲击，将图像放大到极限。镜片后的眼神充满警惕与焦虑，“黑衣组织将熵寂余烬与虚数空间的混沌能量融合，正在编织能直接绞杀圣树生命力的死亡网络。这不是简单的攻击，而是一场精心策划的维度谋杀。”话音未落，实验室的灯光开始剧烈闪烁，天花板的金属支架发出不堪重负的扭曲声，仿佛整个空间都在这股邪恶力量下战栗。
现实世界的异变以暴戾的姿态席卷而来，宛如末日降临。富士山的山顶突然裂开巨大的缝隙，喷涌出暗紫色的量子熔岩。那熔岩不同于寻常的岩浆，所到之处，地表如同被无形的橡皮擦抹去，只留下焦黑的熵能残渣。房屋、道路、植被，在接触到熔岩的瞬间，便化作虚无，空气中弥漫着刺鼻的量子焦糊味。亚马逊雨林中，郁郁葱葱的植被在瞬间完成从生长到腐朽的循环。翠绿的树叶迅速变黄、枯萎，树干扭曲变形，最终化作悬浮的量子尘埃，在空中拼凑成黑衣组织那令人恐惧的标志，仿佛是恶魔在向世界宣告它的降临。
而在米花市，这个承载着无数回忆的城市，街道开始扭曲折叠。建筑的墙壁如同柔软的面团般变形，窗户扭曲成诡异的形状，玻璃发出不堪重负的碎裂声。行人的轮廓在现实与虚数空间的夹缝中反复撕裂重组，有的人上半身还在现实世界，下半身却已消失在虚数空间，痛苦的惨叫声回荡在街道上空。少年侦探团的通讯信号夹杂着尖锐的电磁噪音，步美带着哭腔的声音断断续续传来：“柯南...我们的影子...变成了会咬人的怪物！光彦的手臂被影子缠住，现在都肿起来了！”
柯南的侦探徽章表面浮现出荆棘状的纹路，滚烫的温度透过金属传递到掌心。他低头看着指尖的暗紫色痕迹愈发清晰，如同血管般蔓延至手腕，一种前所未有的危机感涌上心头。国际刑警组织传来的全息情报显示，全球量子防护罩正在以指数级速度失效，而在柯伊伯带之外，十二座由暗紫色熵能结晶构成的棱台状建筑正以正十二面体的阵列缓缓旋转。每座建筑表面都流转着吞噬光线的诡异符文，那些符文闪烁着幽紫色的光芒，仿佛在低声吟唱着死亡的咒语。
“他们要把圣树困在虚熵牢笼里。”柯南盯着情报画面，瞳孔倒映着逐渐成型的死亡矩阵，眼神中充满坚定与忧虑，“一旦十二面体完成闭合，圣树就会被彻底剥离所有维度。我们必须阻止他们，否则一切都完了。”
两人没有丝毫犹豫，驾驶着经过量子圣树本源强化的“曙光号”方舟，向着危机的核心进发。穿越被虚熵污染的维度裂隙时，舷窗外的景象令人毛骨悚然。星辰扭曲成尖锐的骨刺，散发着冰冷而危险的光芒；黑洞表面浮现出类似神经网络的纹路，仿佛是某种未知生物的皮肤；时间流速在不同区域呈现出混乱的跳跃——前一秒还能看见恐龙时代的蕨类植物在量子风暴中燃烧，下一秒就掠过未来人类建造的戴森球被熵能吞噬的场景。
灰原哀的监测仪突然发出连续的尖啸，方舟的防护罩外，无数被污染的光粒汇聚成巨大的虚熵触手，如同恶魔的手臂，疯狂地拍打、撕扯着防护罩。每一次攻击都伴随着刺耳的警报声和剧烈的震动，防护罩的能量读数在飞速下降，仿佛随时都会破碎。
当方舟突破矩阵外围，眼前的景象让人心如刀绞。十二面体阵列中央，量子圣树的树干布满蛛网状的裂痕，金色树液正顺着虚熵锁链流向棱台建筑。每流失一滴树液，树冠上的平行世界就黯淡一分，那些曾经璀璨的世界，如今如同风中残烛，随时可能熄灭。黑衣组织首领的身影此刻化作由暗紫色熵能与虚数代码交织的流体，他的五官在无数张面孔间切换，最终定格为带着病态笑容的半透明形态，那笑容中充满了邪恶与嘲讽。
“雪莉，名侦探，这次你们无路可逃。”首领的声音像是从所有维度同时传来，充满了压迫感，“虚熵矩阵不仅能吞噬生命力，更能篡改因果逻辑——就算你们找到圣树的种子，也会发现它早已在过去就被摧毁。你们的抵抗，不过是徒劳罢了。”随着他的话语，方舟的仪表盘突然显示出矛盾的数据：光粒种子的存在概率同时显示为100%和0%，仿佛现实的逻辑在这一刻被彻底颠覆。
柯南射出量子足球，试图打破这绝望的局面，然而球体在接触虚熵光束的瞬间分裂成无数个悖论——既存在又不存在，既击中目标又从未发射。灰原哀启动曙光方程式的应急模式，设备表面的晶体迸发出耀眼的光芒，但装置核心却开始逆向运转，将输入的能量转化为虚熵矩阵的养料，希望在一点点消逝。
危机时刻，灰原哀的脑海中突然闪过母亲实验室的最后画面：年幼的自己触摸过一颗镶嵌在量子锁里的金色晶体，而那晶体的纹路，竟与此刻仪表盘上疯狂闪烁的警告符号完全一致。这个记忆如同黑暗中的萤火，给了她一丝希望。
与此同时，地球上的“希望灯塔”计划遭遇前所未有的困境。人类的意识能量在接触虚熵矩阵的瞬间，竟被转化为强化矩阵的燃料，仿佛他们的努力都在为敌人增添力量。但在绝望的深渊中，一位自闭症少年用绘画记录下他“看到”的圣树本源结构——那是超越十二面体的十三维拓扑形态。这个发现如同星火，点燃了全球科学家的灵感，他们紧急改造量子发射器，将意识能量编码成特殊的十三维震荡波，试图打破这死亡的牢笼。
在现实与虚数交织的战场上，柯南和灰原哀将少年的画作数据注入曙光方程式，结合记忆中母亲留下的量子密钥。金色光芒与暗紫色熵能激烈碰撞，如同光明与黑暗的终极对决。十二面体建筑开始出现逻辑矛盾的裂痕，那些坚不可摧的熵能结晶，在这股强大的力量下，逐渐变得脆弱。
当人类集体意识的十三维震荡波抵达战场，虚熵矩阵终于出现致命漏洞。量子圣树抓住机会，从根部释放出所有剩余生命力，金色洪流如开天辟地的巨斧，劈开了虚熵牢笼。耀眼的光芒照亮了整个战场，将邪恶的熵能驱散。
黑衣组织首领发出尖锐的嘶鸣，他的流体身体开始坍缩成黑色奇点。在被彻底湮灭前，他将最后一道虚熵意识注入量子圣树的核心：“就算矩阵崩塌，圣树的凋亡程序已经启动...你们的胜利，不过是更残酷终局的序章。”随着轰鸣，十二面体阵列化作宇宙尘埃，但灰原哀的监测仪显示，量子圣树的核心区域出现了无法修复的熵能黑洞，树汁的流动频率，正悄然指向零。
当方舟重返地球，米花市的天空虽然依旧明亮，却泛着病态的苍白。街道上，人们劫后余生，却也笼罩在新的恐惧之下。柯南望着量子圣树在星空中的投影，发现树冠上的平行世界正在以肉眼可见的速度消失，那些曾经的美好与希望，正在一点点消逝。灰原哀握紧母亲留下的量子密钥，上面浮现出从未见过的文字：“当希望的根系腐烂，唯有超越生死的观测，才能重启宇宙的呼吸。”而在宇宙最深处的维度裂缝中，那个与熵寂余烬产生纠缠的未知存在，终于睁开了布满星云的巨眼，新的危机，正在黑暗中悄然酝酿。