古代卫生条件差，人畜杂居，毫无防疫意识，一旦天花、霍乱、鼠疫、血吸虫病、结核病这类烈性传染病爆发，便会穿州过县甚至蔓延数省。
史书上简简单单\"岁大疫\"三个字，往往意味着数万乃至数十万人口的死亡。
卢象昇在宣大短短半个月，目睹军营中无数士兵的死亡，晋北诸县家家戴孝，户户举哀，不论是官，还是兵，还是民，都人心浮动。
这令他十分恐慌，赶紧写信向枢密院和中书省报告。
孙传庭与孙承宗接报后大惊失色，一起到乾清宫西暖阁中觐见。
二人进得暖阁，面上均带着凝重之色。
常洛问道：“二位爱卿所为何事？”
孙承宗颤抖着声音将事情细细禀明。
常洛眉头紧锁，来来回回踱着步。
抗疫最首要的是查清传染源，然后是切断传播途径，然后是隔离感染者，这三件事但凡有一件事办不好，瘟疫就失控了，就只能眼睁睁看着成千上万的人悲惨死去。
\"能确定是从蒙古跑过来的野鼠带来的瘟疫吗？\"
孙传庭答道:\"据卢象昇报告，宣大骤然出现了许的硕大无比的老鼠，连头带尾竟有七八寸长，见人不走，眼冒绿光，呲牙咧嘴，一县之人惊惧。\"
\"山西本地没有这么大的老鼠，十有八九是从蒙古跑来的，外加他对鞑子俘虏的审讯，应该可以断定就是从蒙古传过来的瘟疫。\"
常洛面色凝重，一口气说道:
\"传旨，长城沿线三十里之内辟为无人区，严防死守，用尽一切办法不许蒙古野鼠窜入，发动老百姓捕灭老鼠，予以重赏。\"
\"凡染上瘟疫者一律集中起来看管，严禁外出\"
\"禁嫁娶，禁宴请，禁庙会，禁赶集。\"
\"各省之间，各府县乡里之间设立关卡，禁止人员流动。\"
\"不论人畜，一切尸体一律焚化，严禁土葬，更不许丢弃到河水之中。\"
\"着工部抓紧赶制三百万只口罩，五百万双手套，紧急发往陕西、山西。\"
\"勿食生肉，勿饮生水，池塘、沟渠、道路、田野遍撒石灰或者草木灰。\"
孙承宗和孙传庭面上均是为难之色。
长城西起临洮，东至山海关，长达四五千里，怎么可能不让老鼠窜入？
老百姓一旦发现瘟疫来了，就会拼了命地逃离，怎么可能乖乖待在原地？
各省、府、县、乡、里之间均要设立关卡，这得动用多少人手，到哪里去找？
自古以来死了人都讲究入土为安，现在却要一把火烧了，老百姓如何愿意？
常洛见状，缓缓开口道：“朕亦知这些举措难以施行，但除此之外再无生路。”
孙传庭上前一步奏道：“以臣愚见，当先派官吏、监生、贡生、府学生、县学生、深入民间，张贴告示，晓以利害，告知百姓若不如此，全家乃至全族皆有性命之忧。”
孙承宗补充道：“征集长城沿线民夫，以厚利诱之，命其挖掘深沟，设置障碍，再配以猫群，阻拦野鼠。至于关卡守卫则可在当地青壮临时充任，由朝廷拨银供养。”
孙传庭又说道:\"凡染病者皆禁闭一处，由士兵看守，给以饮食衣服，一律不许外出。\"
常洛微微颔首，“此计甚好！尸体焚烧最为紧要，也最为棘手，还需细思妥善之法。”
孙传庭略作思考后说：\"事急从权，只能软硬兼施，家中死了人情愿焚尸的予以奖赏，胆敢匿尸不报私埋者一律严惩不贷，里长、甲长、族长失察者，左邻右舍知情不报者，与事主同罪。\"
常洛长叹一声，“天灾无情，人祸更可怖，快去办吧。”
孙承宗、孙传庭匆匆退下，着手应对这场奇祸。
秦晋爆发瘟疫的消息很快传到京师，市井间人心惶惶，家家关门闭户，街道上行人稀少，十分萧条。
户部从府库中调集了几万匹纱布、绢布，工部征集了上千名裁缝，通宵达旦地赶制口罩，然后发往陕西、山西。
秦晋两省戒严，地方官员、胥吏、衙役深入大街小巷、田间地头，张贴告示，敲锣打鼓地宣传防疫令。
瘟疫急速蔓延，不论是陕西还是山西，死的人越来越多了，许许多多人家头一天还活得好好的，第二天就死绝了。
死亡的恐惧比瘟疫传播得更快，无数人像没头的苍蝇一样，拖家带口向陕西、河南、河北逃亡，守卡的壮丁拿着棍棒堵截，愤怒的人群冲卡而过，几乎每天都在爆发冲突。
卢象昇调宣大兵守卡，掷下严令，再有冲卡者一律格杀勿论。
陕西的瘟疫丝毫不比山西轻，高迎祥派兵在黄河西岸防守，严禁山西人跑到陕西去。
两省犹如火药桶一样，随时都会爆炸。
有人散布谣言，说朝廷怕陕西人、山西人跑到北京去，所以将两省全部封死了。又有人散布谣言，说虎墩兔集结十万骑，将要血洗秦晋。
一时间人心惶惶，情势岌岌可危。
卢象昇八百里加急，向朝廷求援，常洛提出亲临宣大，坐镇指挥，孙承宗、袁可立等极力劝阻。
常洛道:\"秦晋纷乱如麻，朕再不挺身而出，一旦激起民变就更难收拾了。\"
孙承宗怆然道:\"陛下身系天下安危，岂可轻易犯险，还是臣去吧。\"
常洛道:\"孙先生年事已高，受不得长途奔波，还是朕去吧，卿留守京师，居中调度。\"
孙承宗、袁可立请以太子监国，常洛允准。
泰昌七年十二月十八日，常洛突然驾临太原，孙传庭、瞿式耜随同前往。
卢象昇、郑崇俭闻讯大骇，前往太原觐见。
十二月十九日，常洛顶着茫茫大雪视察宣府，与卫所将士、里中耆老交谈，勉励他们不要慌张。
十二月二十七日，又视察大同。
泰昌八年正月十六，常洛到了西安，召高迎祥、范景文、倪元璐、梅之涣、马士英布置防疫。
皇帝亲自来了，所有的谣言都不攻自破，秦晋两省的人心顿时安了下来，所有的防疫措施都得以施行。
孙承宗、袁可立使出浑身解数向陕西、山西运送钱粮衣服，并且派遣了三千多名郎中，携带大量药材赶赴疫区。
长城沿线，大量民夫被征集起来，凛冽的寒风中挥舞着锄头铁锨，挖出深深的壕沟，再围以厚厚的栅栏。
年轻力壮的男子、兵丁在各个关卡严阵以待。
各个村庄里，里长、甲长们挨家挨户地排查是否有病患和死者，凡病患一律隔离，凡死者一律焚化。
然而还是有很多冥顽不灵之人偷偷埋葬死者，结果被邻里告发，官府立即派人前来械拿问罪。
随着各项措施逐步推进，疫情终于得到了控制，几个月后感染人数大幅下降，死亡人数也越来越少。
到泰昌八年三月底，天气突然转暖，鼠疫竟然奇迹般地终结了。
短短几个月时间，秦晋两省的人们却恍若隔世，戒严令解除，无数人走上街头燃放爆炸，庆祝劫后余生。