在朱载坖的支持下，张居正以漕运为抓手，开启了改革的大幕。
同时张居正还奏请朱载坖，提前举行大计，而且张居正这次奏请的大计和以往的大计是有所针对的，张居正向朱载坖详细陈述了自己的策略，张居正这次奏请的大计，是专门对于大明各布政使司的账目进行清查，厘清布政使司的详细开支，同时对于大明的财政进行第一步的改革。
张居正认为，以往大明的财政收支过于笼统，大明的赋税，由地方州县征收而来，除了由朝廷直接管理的海关、盐税、钞关等收入之外，其余地方的田赋、各种土产、上供等，都是由州县解运至太仓，这部分被称为起运钱粮，而剩余的留在地方供地方官府日常开支的，被称为留存钱粮，是固定比例的，三成留存，七成起运。
这样显然是不合理，存留是指一部分赋税留于地方，用作常规支出。 该项钱粮分别储存于司、府、州县、卫所仓库。用于地方官府的日常开支，而这也就是造成地方官府困顿的一个主要原因。
朝廷将将大部分赋税定为起运，并且不许拖欠， 其支出也由户部亲自把关，而地方官府能够支配的钱粮就极为有限了，而朝廷对于地方官府也大部分时候处于一种被严厉控制的情况下。
这些留存钱粮，由司、府、州、县 长官具体主管。此外，赈济、营建、水利等非常规支出， 若动支存留钱粮要事先请示朝廷，地方官府不得擅支。存留虽用于地方支出，但朝廷也实行必要的控制。常规支出要按朝廷的规定进行非常规支出则事先奏请，事后层层报户部， 接受审核。
朝廷对于地方官府控制的太严、太死，直接导致的后果就是地方官府采取种种手段，增加额外收入，加派，甚至于横征暴敛，从百姓手上刮地皮，搞上有政策，下有对策那一套嘛，被称为羡余引，这是地方官府独立支配的小金库，是各地起运以外的、诸项收人用于常规支出后的结余，主要是正额税外的赋敛 。
朝廷对于这些收入的来源、去处，其实是很难掌握的，据左都御史海瑞、总督仓场户部尚书王国光等人的奏报，地方官府的羡余来源主要有几个部分构成。
其一，存留田赋加耗。地方官府为了保证起运钱粮能够足数交解到户部，在朝廷的正项赋税之外，还会增加一部分额外的赋税，称之为加耗，名义上是为了运输这些钱粮而征收的运输，实则是地方官府的敛财之道，远多于储、运之损耗。甚至比朝廷的正项赋税都要高出很多。
其二，就是赃罚银，也就是地方官府在审理案件过程中，依照大明律可以赎刑的，予以收纳钱粮赎刑，但是实际上官吏们往往借由案件，敲诈勒索，赃罚之征虽有法律上的规定，事实上地方官往往多征。
其三就是地方的商税，这个也是属于朝廷默许的范围。
其四，就是徭役折色之后的羡余银，现在徭役多征银差，在雇役之后都有剩余，称摇羡银，数目颇为可观 此外各种“无名之征”也是在摇役的旗号下进行的，一县之中，仅里甲岁节供应一项动辄几千百计也。
其五，各种的其他杂项收支。
这些所谓的羡余银，是地方官府开支的主要来源了，这些银子收多少，怎么收，怎么用，很大程度上取决于州县官员的良心，平时朝廷是很难予以监察的，司、 府、州、县官员往往以羡余银讨好监察官员，或者干脆予以贪污。
据左都御史海瑞的奏报，仅仅这两年以来，经审计或者巡按御史参劾查实的州县官员贪污羡余银的案子就达数十起，官员以羡余银两养家、中饱私囊已是司空见惯。其贪污的方式很多，诸如入京时捎当输之税利其羡，有的府不下数 百两上下瓜分，如饶州府可供瓜分的银两岁不下数千金，上海县令每年可收受数百金、卸任之际将赃罚银席卷一空，还有接受库吏馈送等。
羡余银已经成为了州县官员贪污的重点，所以张居正上疏请求大计，就是要将州县的羡余银也纳入朝廷的管理之中，杜绝贪墨和横征暴敛，同时对于朝廷的起运和留存实施动态管理，不再粗暴的进行三七分了。
张居正的办法是，以省为单位，将通省来年的开支表列计划，如官吏俸禄、兵马钱粮等固定开支，还有要兴修水利、道路等非固定开支，都要编列计划，在年底上报户部，经批准之后以通省实际开支，作为留存钱粮，剩余的一概予以起运。
同时对于地方的羡余银，也全部纳入藩库之中，接受户部和都察院的审计，纳入朝廷的收入中来，尤其是对于加耗，不再有地方官府随意确定，而是有朝廷查路程之远近、损耗之多少，予以确定，不准随意加耗，加耗一旦确定，要更改必须上报户部批准，如果再有法外加征的，一律严惩。
张居正之所以决定今年举行大计，一来是摸清楚地方州县的固定开支有多少，另一方面是将地方的羡余银予以审计，将多余的准备解运太仓，为推行耗羡归公和地方预算创造条件。
张居正在奏疏中认为，隆庆十三年年底大计摸底，十四年预备执行，州县官吏熟悉相关的预算编列，十五年正式施行，下至于县、乡、里，上至于府、道、省，都要编列详细的预算，各级官府每年要干什么事情，都要说清楚，你编列了预算，朝廷就要考成，没有完成的，就要接受处罚，以此督促各级官员实心用事。
张居正认为，考成法、耗羡归公法、地方预算法三法推行之后，不仅仅可以刷新吏治，整顿地方官府，还可以使得朝廷财政收入增加，各种重大工程有序推行，不管是地方的兴修水利还是道路桥梁、仓储设施等，都是要纳入考成的。