第二所为医学院。
让目前担任南京太医院院使的方正担任医学院的院长，以研制新药和培养郎中为主要任务。
凡良家子，对药理感兴趣者就可入医学生为学员。
第一批招收学员一百人，而其中女学员二十名，她们主学产科，以傅山的《傅青主女科》为教材。
第三所为科技学院。
朱由哲本来想选定宋应星或者方以智担任这个新学院的院长，但他们一个在山东打造火炮，一个被困京师，一时也来不了。
想来想去，朱由哲最后选定了和徐光启齐名，有南徐北王之称的北王王徵。
和宋应星所学的杂，和方以智主修的物理常识都不同，王徵追求的是实用。他编写了这个世界上第一部将力学原理和机械技术合二为一的巨着《奇器图说》。
在书中，王徵把数学、力学做了详细的理论叙述，详细介绍了天平、杠杆、滑轮、轮盘、螺旋等的工作原理。他所创造的重心、斜面等名词到现在依旧是物理学里面的专有名词。
而王徵还根据西方人的描述，建造出了举重车、螺旋式水车的模型。
可惜的是，清军入关，华夏迎来了一个更封闭的王朝，而他这本巨着也成为只供个别人闲时消遣的工具。
唯一的问题是，王徵目前是正三品的按察使，官高权重，就是不知道他愿不愿意去当那个有名无实的院长。
所以，朱由哲令人叫来了王徵，亲自询问他的意见。
没想到的是，王徵没有丝毫犹豫便直接同意了。而且给朱由哲留下一句话，“官做的再好，也只能维护一地百姓，一时朝廷。而科技，却能实实在在的改变华夏之将来。”
朱由哲不得不承认，这个时代，还是有一些人，有着不同于一般人的追求。
正当这一切都如火如荼进行时，前线传来的军报直接打断了朱由哲正在编织的美好未来。
四日前，清军突然南下。
在西路，博洛率步骑一万五千从睢阳出发，南下攻明。
拓城、鹿邑半日即克，城中百姓被清军屠戮殆尽。武平卫指挥使张辉率部投虏，亳州陷落。
清军分出一部，会同张辉南下攻打涡阳。
其主力西向，太康、扶沟、鄢陵、尉氏等城不战而降。唯有长葛县令吴涵固守城池，两日后城破殉国。
许州知州段兴元弃城而逃，许州陷落。
目前清军已经进抵郾城，汝宁知府越其杰请求朝廷增援。
在东路，清军以勒克德浑、耿忠明为将，从徐州出发，南下攻打邳州。邳州坚守两日后城破，大部明军逃亡睢宁，继续固守。
总兵黄得功主动出击，击破清军前部，斩首五百，俘虏一百。清军大军杀到，两军在宿迁附近多次交战，各有胜负。
一日前，清军攻破涡城，涡城守备马兴自杀殉国。
凤阳留守詹兆恒下令放弃蒙城，固镇，将所有兵力集中于中都凤阳。但即使如此，城中兵力仍不满五千，请朝廷立即派兵增援。
而与此同时，清军加大了对山东东部的进攻。而其中，以孔有德表现最为卖力。但清军主力未动，不知为何？
朱由哲看着这些战报，心中稍安。
看来，因为李自成的原因，清军并不打算出动主力。既然不出动主力，那说明多尔衮没有一举拿下江南的准备。
但一切都不能太过乐观。
若明军太过废物，让多尔衮看到可以不费吹灰之力夺取江南的机会，作为一代枭雄的他肯定不会放过。
失陷几个城池，乃至损兵折将都没什么打紧，关键是让多尔衮看到明军抵抗的决心和意志。
一旦其损兵过多，多尔衮自然会终止进攻。
拖下去，一直拖下去，时间站在大明这边。
而中原的那些城池无险可守，达不到消耗清军的目的，只有靠坚城险关才能给敌军以最大杀伤。
想到这里，朱由哲下旨道：“传令越其杰，汝宁府能守就守，不能守就率部退往寿州，与八公山的刘孔昭部会合。同时，告诉刘孔昭，让他准备足够的船只，准备随时接应越其杰部过江。”
史可法轻轻点头，“陛下，那凤阳方向呢！”
朱由哲道：“凤阳乃大明中都，蚌埠更是整条江淮防线的重中之重。告诉詹兆恒，凤阳绝不能失，否则让他提头来见。下旨给左光先，让他提两万精兵立即北上增援凤阳。同时……”
朱由哲停顿了一下，“同时去信给左良玉和万元吉，让左良玉在确保武昌安全的前提下派兵增援李国英。告诉他，若六安有失，湖广大军将面临闯贼和建虏的两面夹击，守六安就是守武昌。告诉万元吉，让他抽出八千江西兵卒前往合肥。不做增援之用，只确保合肥无虞。”
史可法对此并无异议，说道：“陛下，那黄得功和张名振那边？”
朱由哲没有回答，而是问道：“目前堵胤锡在何处？”
史可法道：“堵胤锡让文安之去了黄得功那里，而他自己则率部乘船前往了盱眙。按路程算，目前他应该已到地方了。”
朱由哲轻轻的点了点头。盱眙位于洪泽湖畔，水陆交通都十分方便，正方便指挥各路明军。“前线局势变化太快，身处后方的我们很难做出最正确的决定。既然堵胤锡已去了盱眙，那一切就让他做决定吧！只告诉堵胤锡，我军的目的在于通过不断抵抗消耗清军的有生力量，不要在乎一城一地的得失。”
说到这里，朱由哲顿了一下，转向冯铨，“但粮草军械供应一定要保障，否则你这个户部尚书便到头了。”
冯铨笑了笑，抱拳道：“陛下放心，二十万石粮草，两千杆火枪已于今日启程，绝不会让前线将士饿着肚子打仗。但陛下，江淮水路纵横，运输兵力，运送粮饷，一切都需要船只，漕运总督那边？”
朱由哲眉头紧蹙，想了片刻道：“等朝议结束，冯爱卿随朕一起去见见那个刘老大吧！十万漕丁的事该解决一下了。”