虽然京师与洛阳之间奏折、御批往来不绝，拟定“大明军”这个名号至少花了七八天时间，但实际上军队的组建工作从洛阳收复的第二天起就开始了。朱由检对官员们不过是虚与委蛇，他早就下定决心，不管大臣们同意与否，这项至关重要的改革一定要进行。
当然，改革可不是上嘴唇一碰下嘴唇那么简单，对军户制的改革，可比招募本来就是农户的秦兵复杂多了。因为军户制不光是提供士兵，同时还是一整套完整的制度，其核心内容就是为军户专门划出军田，军户不纳田赋，同时也要自给自足。所以改革军户制，必须对“人”和“地”两个方面同时改革，否则就无法进行。
所谓人无头不走，鸟无头不飞，既然要组建新军，自然要先任命主将。各项具体改革措施，也要靠他们具体去做，否则朱由检就算累死，也无法完成对全国卫所军队的改革。当然，朱由检现在身在洛阳，可以手把手地教他们，也算是第一个改革试点。在这里改革成功以后，就可以把经验逐步推广到全国，朱由检也就可以放手让下面的人去干了。
各卫所原有的将官当然不能用，朱由检只能从京营的将领中提拔。但是现在战事正紧，诸将都宁愿带着自己的部队去杀敌立功，而不愿意来洛阳接手一支素质很差的部队。如果抽调将领过多，朱由检又担心被叛军拖入持久战，真是左右为难。
经过慎重考虑，朱由检决定以李定国部短暂休整后，经虎牢关、潼关入陕，与杨嗣昌、孙传庭合兵一处，去对付他的“老朋友”高迎祥。而正面战场主要交给卢象升和孟拱，让他们发挥火器的绝对优势，给战斗力最强的洪承畴部以持续沉重打击。
至于东线，则交给郝永忠的骑兵部队。因为他本就是流贼出身，对李自成、张献忠等人的用兵习惯了如指掌。待曹文诏的关宁铁骑稳住南京形势后，郝曹二将即可发挥骑兵机动灵活的优势，对流贼中较弱的部队进行短促的突击。等中路的洪承畴崩溃以后，东西两路叛军首尾不能相顾，便可寻机发动决战了。
这样一来，只有李来亨的部队暂时没有任务，可以作为总预备队使用。所以朱由检也只能从他手下抽调将领，经李来亨、李定国等人的推荐和通盘考虑，朱由检决定组建大明军第一师，任命缑明显为师长，李守义为指挥使。
当然这只是内部的称呼，二人的官品仍按旧制，缑明显晋为正二品副总兵官，李守义晋为正二品都指挥使。缑明显主管军事，因为身受重伤，现正在洛阳调养，暂时不用带兵，主要的工作都交给李守义去做。
包括李定国等将领在内，谁也不理解朱由检为什么要给一支部队安排两位主将。尤其缑明显和李守义这两人都是独当一面的将才，现在两个人才带一支新军，似乎稍有浪费之嫌。
只有朱由检自己心里清楚，他是在借鉴前世我军的“政委”制度。古往今来，任何一位统治者都知道用军队维护自己的统治，然而恰恰是军队最容易发生叛乱，好像这些君主是在自掘坟墓一般。究其根本原因，就是这些君主只知道用金钱和利益来笼络将领和军队。而眼里只有利益的军队是没有灵魂的，只要有人出价更高，或是领军将领意图谋反自立，这支军队就必然会毫不留情地叛乱，让君主之前所有的投资都打了水漂。从古至今，这样的例子数不胜数。
而政委制度则是我军借鉴了苏联红军，并结合自身特点创立的，其最突出的特点就是确立了党对军队的绝对领导权。现在朱由检又把这项制度“穿越”过来，同样希望能把大明军打造成一支有灵魂的部队，让每一个普通士卒知道是为自己、为家庭、为民族、为国家而战，而不是为了粮饷和功劳而战。
这样的军队永远不会背叛民族、背叛国家，即使个别将领出了问题，也会遭到官兵的一致抵制，无法调动军队为祸。之前组建秦兵时，这个问题还不算急迫；现在要进行全国军制改革了，朱由检当然要把这项他认为至关重要的内容加进去。不光是新军，就算是秦兵的老部队，以后同样要增加“政委”这个角色，只不过要换成“指挥使”这个易于理解的名字罢了。
朱由检对师长和指挥使的分工做了明确规定。师长为军事上的主官，作战时拥有指挥权，平时负责训练、后勤、行政管理；指挥使为政治上的主官，平时负责思想工作，作战时辅助师长。一旦师长因故不能履职，则指挥使可以暂代师长行使指挥权。待建制确立后，下级建制也要设立“政委”，直至连队。
至于大明军的建制，这个就简单了。有了秦兵的成功经验，朱由检继续照搬现代军队的建制，在师以下，设团、营、连、排、班五个等级。
班至连采用三三制，每班十人，三班为一排，三排为一连，一个连约有百人。一个营下辖四个连及一些直属排、班，约为五百人。一个团下辖四个营，约为两千人。师下辖三个团，满建制为六千多人。因为兵员素质太低，装备又差，这个第一师是纯步兵师，只配了很少的战马和少量火器，近期的任务只有两个，一是尽快满编，二是守卫洛阳。
为了打响军制改革的第一炮，朱由检亲自召见了缑明显和李守义。缑明显身体素质极佳，虽然受了重伤，但已能下地行走。在他们这一梯队的将领中，缑明显是第一个受到提拔重用的。能当上第一师的师长，自是极大的荣耀，缑明显当然喜不自胜。尽管朱由检让他坐下，他却像个火烧屁股的猴子一样，一刻也坐不住。
相较之下，李守义就沉稳多了。他一边静静地听着朱由检的吩咐，一边凝神思索，有疑问之处还直接向朱由检提出来。朱由检也对这对搭档寄予厚望，他们一动一静，一急一缓，颇有点像《亮剑》里的李云龙和赵刚，配合好了绝对完美。
在这次接见之后，缑明显和李守义立即奉旨前往军中，轰轰烈烈的军制改革就此拉开帷幕。