仅过了两天，毕自严就收到了一份“大礼”：暂领京师三大营的解胜和郝永忠，亲自将五十万两白银护送入城，直接存入大明银行。同时附上一份名单，详细列明了存款人的信息，为银行省去不少麻烦。
过去不论是哪里的官军，只有花朝廷的饷银，还从来没有往回返钱的；尤其是三大营，更是个填不满的无底洞。这次却一下存入五十万两，虽然是存款，早晚还得还本付息，还是让户部上上下下都喜出望外。
其实他们哪里知道，三大营可是一块难啃的骨头。为了整顿这支守卫京畿的“精锐”官军，朱由检可是煞费苦心。
俗话说“兵熊熊一个，将熊熊一窝”，朱由检首先调整的就是三大营的统兵将领。阉党叛乱之时，三大营在监军太监王朝奉的率领下直接参与，因此朱由检控制局面之后，做的第一件事就是令解胜、李定国、郝永忠各领一营，并将各营千户以上将官全部暂时“下岗”，以秦兵骨干暂代其职，将这支庞大的部队牢牢地控制住。
在审定“阉党逆案”的同时，对军中将领的筛查也在同时进行。总兵、副总兵、参将一级的高级将领，有不少都党附魏忠贤，甚至有些人就是魏忠贤安插进来的。有道是“皮之不存毛将焉附”，魏忠贤都完蛋了，这些人当然没有好下场，刑部依律定罪，杀的杀关的关，很是清除了几个军中的大蛀虫。
剩下的游击、守备、千户、百户等中低级将领，朱由检没有再深究。一方面是因为他们官职较低，人微言轻，即使参与叛乱也是奉命行事，所谓“首恶必办，胁从不问”，没必要牵连太广；另一方面，这些军官人数众多，若全部治罪，则三大营将士人人自危，也不利于开展整顿。审查的结果，这些军官最多受到降级罚俸的处罚，而按照《大明律》，就是判个斩立决也是完全说得过去的，因此众人无不感念浩荡皇恩。
接下来的一步，就是彻查“空额”问题。军中广泛存在的“吃空饷”现象，不但大量侵吞了朝廷的饷银，更重要的是，朝廷连自己到底有多少兵力都不知道，既不知己又不知彼，岂能不屡战屡败。
过去朝廷也不是不知道“吃空饷”的存在，可是首先监军太监就是吃空饷的最大受益者，下面的主要将官也都能跟着分得不少好处；他们再拿出一部分银两，向魏忠贤及其党羽行贿。上上下下都打点到了以后，也就无人深究，反正是慷国家之慨。偶有一二直臣想要查办，他们就用军队哗变来吓唬朝廷，一直屡试不爽。
可是这次在三员大将的主导和数万秦兵的虎视眈眈下，仅用了不到半个月，三大营的空额情况就查了个一清二楚。新任皇帝铲除阉党的雷霆手段，还有秦兵平叛的恐怖战斗力，给了三大营官军极大的震慑；本来皇帝没有将他们治罪已是网开一面，让他们感到庆幸，谁还敢在这个节骨眼上哗变？
清查的结果也是触目惊心。本来三大营每营各辖七十二卫，每卫下辖一个千户所，每个千户所又下辖十个百户所，每个百户所定员一百一十二人，三大营合计满额应为二十四万余人。可是实际清点的结果，大多数百户所兵力都不足定额的一半，有的百户所甚至就是个空壳子，连一个兵都没有。满打满算，三大营的实际兵力只有不到十万人。
就是这十万人，也大多是滥竽充数。三大营与其他官军一样，也实行军户制，当兵都是父子相传。做为京师卫戍部队，三大营甚少参与实战，自从“土木堡之变”和于谦领导的京师保卫战之后，基本上没打过什么仗，也没有像样的训练，战斗力极为松弛。
三千营和神机营还稍微好一些，因为三千营是骑兵，对付步兵还稍微有点优势；神机营以火器为主，守城的时候还能顶点用。可是兵力最多的五军营，却是彻头彻尾的“战五渣”，否则秦兵在平叛之战中也不会那么轻易就攻破京师坚城。
很显然，三大营需要整编。但朱由检考虑再三，还是没有采取像蓟镇和山海关那样的，把军户直接变成民户的精减政策。原因有二，一是三大营连官军带家眷人数太多，足有几十万人，规模远超蓟镇和山海关。其中很多家眷都住在京师城内，关系盘根错节，直接精减震动太大，也容易遭到京中大臣的反对。
二是不管怎么说，这些人好歹比普通百姓基础还强一些。京师是朱由检构筑的抗金全局中最重要的一环，需要大量兵力驻守，三大营这十万人尚且不够。与其先裁军再扩军，还不如充分利用现有的官军。
当然，以这帮人现有的素质，直接上阵肯定不行，搞不好还会起副作用。所以在朱由检的授意下，三员大将还是组织了一次军中大比武，矬子里拔将军，从近十万官军中勉强挑出三万还算有些战斗力的将士。然后将一万五千秦兵骑兵和陆续赶到的一万秦兵步兵、炮兵并入三大营。
如此一来，秦兵原来的建制就被打乱了。朱由检当然想按照现代编制方法，把三大营全部整编了。但三大营与秦兵不同，现在自己也不是山高皇帝远的藩王，而是大明帝国的最高统治者。如果对三大营进行改编，那就等于是对整个帝国的军事制度进行重大改革，肯定会阻力重重，现在还不是好时机。
经过重组之后，京师三大营共有官军五万五千。其中三千营骑兵二万五千，神机营一万，五军营二万。李定国和李来亨奉旨平定西南，所选一万精锐骑兵就是出自三千营。
剩下的六万多官军，虽然仍在军籍，但素质太差，一时半会是难以训练出来的。当然朱由检也不会让他们闲着吃白饭，他的政策是“解甲而不归田”！